Der Legende nach handelte es sich bei den Geschwistern Felix und Regula um römische Christen die zusammen mit ihrem Diener und Freund Exuperantius aus der Thebäischen Legion flohen. Bei dieser "Legio Thebaica" handelte es sich um christliche Soldaten die einst im Orient stationiert waren. Zu diesem Zeitpunkt sollte die Einheit im Wallis, in der Nähe von St. Maurice, untergebracht werden.

Bei einem Feldzug unter der Leitung des Maximianus Herculis (286-305) gegen die Gallier weigerte sich diese Legion jedoch gegen ihre Glaubensgenossen in die Schlacht zu ziehen. Der Überlieferung nach wurde darum die fast 6600 Mann starke "Legio Thebaica" bis auf den letzten Mann niedergemetzelt. Die Geschwister Felix und Regula konnten entkommen. Ihre Flucht führte sie über Glarus an die Limmat bei der Burg Zürich wo sie als erste Verbreiter des Christentums wirkten.

Angeblich wurden die Beiden, zusammen mit Ihrem Gefolgsmann Exuperantius, im Jahre 303 vom römischen Statthalter Maximilian verfolgt und gefoltert. Als sie ihren christlichen Glauben nicht ablegen wollten und sich weigerten die römischen Götter anzubeten, liess er sie schliesslich auf einem Steinblock in der Limmat (heutige Wasserkirche) köpfen.

Der Sage nach sollen die Geköpften ihr Haupt unter den Arm genommen haben um sich selbst die Grabstätte zu suchen. Sie fanden diese offensichtlich 40 Schritte weiter weg an der Stelle des heutigen Grossmünsters.

In den folgenden Jahrhunderten kamen Pilger aus aller Welt um an den Gräbern dieser Heiligen zu beten. Bis ins 8. Jahrhundert wurde dieser Teil der Sage mit einem anderen Teil verbunden. Nämlich das Karl der Grosse auf der Jagd einem grossen weissen Hirsch folgte bis zu der Stelle als sich sein Pferd auf der Grabstelle der Enthaupteten niederkniete.

Als Karl der Grosse von dieser Geschichte erfuhr, liess er zu ihnen zu Ehren eine Kirche bauen. Einem vorgängigen Gotteshaus des heutigen Grossmünsters, welches dann erst im 9. Jahrhundert entstand. Zu Ehren Karls des Grossen heisst der westlichere Turm übrigens Karlsturm. Eine sitzende Skulptur, welche Karl den Grossen darstellt, ist im Turm eingelassen.

Von der Richtstätte selber wurde lange Zeit behauptet, dass eine heilende Quelle aus ihr entsprungen sei. Und auch sie einen grossen Ansturm von Pilgern zu verzeichnen gehabt hätte. Über dieser Stelle wurde dann um das Jahr 1000 eine Kapelle errichtet, an jener Stelle wo heute die Wasserkirche steht. Ebenfalls ihnen zu Ehren wurde bereits 874 die Fraumünsterkirche erbaut.

Ebenso soll man im 9. Jahrhundert gefundene Relikte der Märtyrer ins eben fertig gestellten Frauenkloster (Fraumünster) gebracht haben. Um die drei Orte Wasserkirche, Grossmünster und Fraumünster miteinander zu verbinden, und um den Pilgern den Zugang zu erleichtern, hat man um 1220 eine Brücke über die Limmat erbaut. Die heutige Münsterbrücke.

Als während der Reformationszeit 1524 der Heiligenkult abgeschafft und die Schätze der Kirche beschlagnahmt wurden, sollen die Gebeine der Heiligen nach Andermatt gebracht worden sein. Ihre Gebeine sollen bis heute in der Pfarrkirche deponiert sein.

Die in Zürich 1950 erbaute Kirche zu St. Felix und Regula wurde mit Reliquien aus der Andermatter Pfarrkirche ausgestattet. Zufall oder auch nicht, immer in der Nähe des Feiertages der Stadtpatrone (am 11. September) findet das Zürcher Knabenschiessen statt.

So ist Zürich zu seinen Stadtheiligen gekommen, welche übrigens seit dem 13. Jahrhundert das Stadtsiegel zieren. Grosse Pilgerscharen trafen in der Limmatstadt ein und belebten die Stadt mit der wohl frühesten Version des heutigen Tourismusses.

Um diese Scharen und Pilgergruppen zu begleiten und um die Heiligenlegende zu verkünden ernannte man Leutepriester. Einer davon, wohl der Bekannteste, hiess Huldrych Zwingli und wurde später als Reformator in Zürich bekannt.

Erstmals erscheint diese Sage im "Passio" von Florencius. Er berichtet von den Stadtheiligen Felix und Regula im 8. Jahrhundert. Von Florencius selber wird angenommen, dass er ein alemannischer Priester in Zürich war.

Um diese Geschichte rankten sich viele Gerüchte und Legenden bis zum Ende des Mittelalters. Erst im 13. Jahrhundert erschien Exuperantius als dritter Stadtheiliger in der Geschichte.