Geboren wurde Otto Jaag am 29. April 1900 im schaffhausischen Guntmadingen.Schon früh erkannte er die Bedeutung eines umfassenden Gewässer- und Umweltschutzes und trug während Jahrzehnten massgeblich zur Forschung auf diesem Gebiet bei.
1933 habilitierte er an der ETH Zürich und wurde 1941 Titularprofessor; 1945 ausserordentlicher Professor für spezielle Botanik und 1963 ordentlicher Professor für Hydrologie, Abwasserreinigung und Gewässerschutz. Im Jahre 1970 wurde er emeritiert.
Otto Jaag war Mitglied in zahlreichen nationalen und internationalen Organisationen und Kommissionen, die sich dem Gewässerschutz widmeten. Von 1952 bis 1970 war er Direktor der EAWAG «Eidgenössische Anstalt für Wasserversorgung, Abwasserreinigung und Gewässerschutz». Er galt als einer der bedeutendsten und einflussreichsten Hydrobiologen in Europa.
Seine Interessen erstreckten sich aber über zahlreiche theoretische und angewandte Gebiete von der Müllforschung bis hin zu Fragen der Systematik der Cyanobakterien (damals Blaualgen genannt). Er verstarb am 31. Juli 1978 in Zürich.